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专家指出，唇裂发育和融合障碍的确切原因和发病机制尚未完全清楚。根据大量的实验研究和流行病学调查结果，它可能是由多种因素而非单一因素引起的。一般来说，可分为遗传因素和环境因素，与营养、遗传、感染、内分泌等因素有关。
1.由于遗传因素导致的唇裂患者，在其直系或旁系亲属中均可发现类似的畸形，因此认为唇裂畸形与遗传有关。流行病学调查表明，有唇裂的直系亲属后代唇裂的发生率高于无唇裂的亲属。遗传学研究也认为唇裂是一种多基因遗传病。
2.环境因素主要指胚胎生长发育的环境。母体的整个生理状态构成了胚胎发育的环境条件。因此，在怀孕的前三个月，当母体的生理状态受到侵犯或干扰时，可能会影响胚胎颌面部的生长发育。
(1)营养缺乏在实验动物研究中发现，缺乏维生素A、B2、叶酸等食物成分的小鼠会产生唇裂等畸形，而人类是否也会因缺乏此类物质而患上先天性畸形尚不清楚。因此，妊娠早期营养缺乏可能是诱发因素之一。
(2)感染和损伤如果母亲在妊娠早期受到某种损伤，特别是子宫及其邻近部位的损伤，如不适当的不完全流产或不科学的药物流产等。它会影响胚胎的发育并导致畸形。母亲患有病毒性传染病，如风疹，也会影响胚胎的发育，成为唇裂的可能原因。
(3)内分泌影响。怀孕早期的妇女因患病而接受激素治疗后出生的婴儿有一些先天性畸形。此外，在对唇裂患儿家族史的调查中，还发现部分母亲在妊娠早期存在各种明显的精神创伤因素，并推断可能由此产生应激反应，导致体内肾上腺皮质激素分泌增加，诱发先天畸形。
(4)药物因素大部分药物进入母体后可通过胎盘进入胚胎。有些药物可能会影响胚胎的发育，导致畸形。目前已知的抗肿瘤药物(如环磷酰胺、甲氨蝶呤等。)、抗惊厥药物(苯妥英钠)、组胺类药物、治疗妊娠呕吐的敏克净、一些安眠药(如反应停)等均可引起胎儿畸形。
(5)身体伤害，如孕妇在胎儿发育过程中频繁接触辐射或微波，可能影响胎儿的生长发育，成为唇裂的可能原因。
(6)烟酒因素。妊娠早期大量吸烟饮酒，比没有烟酒嗜好的女性，孩子唇裂发生率高，是导致胎儿唇裂的可能因素之一。
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